Смысл ролевого мира Наруто: Преступление и Наказание кроется в самом названии.
За содеянные ошибки надо платить. А вот что делать тем, кто не виноват в произошедшем?

Наш сюжет начинается после того, как Саске убил Орочимару, поглотил его сознание. Ото теперь под контролем Кабуто, в котором осталась часть души саннина – коварный змей предусмотрел все. Поиски брата приводят Саске к началу создания собственной команды под названием Ястреб.
Тем временем, в Конохе, после визита Сора – мальчика с частью чакры Кьюби, сам Наруто теряет контроль и слабеет от давления Лиса и постороннего его носителя. Прежде чем понять, что происходит, Узумаки приходит к Тсунаде, чтобы найти помощь, а в итоге…
В итоге Хокаге оказывается повержена им, на глазах у свидетелей – Шизуне, Сакуры и тройки АНБУ. Вне всяких сомнений, ему нельзя быть пойманным, ведь тогда он не сможет доказать свою непричастность! Наруто покидает селение, чтобы найти тех, кто еще может поверить ему.
А власть в Конохе переходит к Данзо…
А дальше… Дальше судьбу Узумаки решат события игры!